第一：在经费投入方面，经费来源渠道单一
目前，我国气象科普馆经费主要依赖各级政府财政拨款，主要用于气象科普场馆日常展览接待，世界气象日、全国科普日等重要时间节点的专题展览，相关科普展品资源制作，比如科普挂图、科普书籍和光盘等，以及场馆运行所需的人力成本等。与财政拨款相比，其他经费途径如社会捐赠等微乎其微。单一的经费来源，使得气象科普场馆的发展受到了严重的制约，有限的财政资金无法支撑气象科普场馆不断改进以适应新时期发展需求，筹集社会资金渠道不畅，吸引社会投入的机制不够完善，一些场馆往往有建设资金没维护资金，极大的降低了科普服务水平和效率。
气象科普场馆在建设中存在的问题
第二：在社会参与程度方面，社会公众参与度普遍不高
各地气象科普场馆建设和服务内容集中于解答气象科技知识、展示气象事业发展成效等方面，在具体科普内容上没有统一的标准。大部分气象科普场馆一方面受制于经费不足、设施及展品科技含量不高等因素，另一方面在科普方式上沿用传统的说教方式，参观者只能被动接受灌输。一些科普场馆只在世界气象日、全国防灾减灾日等重要的宣传时间节点对公众免费开放，而在这些时间节点，往往由于人流过于集中，人均参观时间有限，往往只是走马观灯，远远不足以深入了解。天气、气候等气象知识对于人们日常来说是必需品，变幻莫测的气象现象又充满着神秘和未知，在属于气象专业的科普场馆，人们本应趋之若鹜。但事实上，很多气象科普场馆门庭冷落，无法激起公众的参与热情。
第三：在传播形式方面，传统科普场馆受到新兴互联网时代的冲击
随着新兴互联网的来临，许多传统实体遭遇网络资源带来的冲击，比如传统书店实体，受到网络书店的冲击，营业额大大降低。同样，面对网络气象宣传和科普资源和平台的不断丰富，越来越多的人选择足不出户在互联网上寻求所需要的气象科普知识，一方面免去了门票及来回路费，大大降低了获取科普知识的成本，另一方面网络科普资源丰富，几乎应有尽有，形式多种多样，更加易于阅读者吸收。在这种趋势下，传统气象科普场馆在展项单一、位置固定等方面的劣势被不断放大。直接导致参观人群的流失，气象科普场馆被冷落。
气象科普场馆在建设中存在的问题
第四：在发展定位方面，科技馆发展与科普产业发展的关系错位
气象科普馆的发展依赖于气象科普产业的发展。按照产业发展的规律，科普产业发展需由公众科普需求作为源动力，经过科普产品的创造、大规模生产、传播和推广等产业链条，最终达到公众的认可及科普知识的普及。而科普场馆则是科普产业发展到一定时期用来展示科普产业发展成果、拓宽产业发展渠道等而应运而生的产物。目前，我国气象科普产业发展总体上仍处于散、小、弱的局面，除天气预报产品外，为公众熟知的科普产品不多，由于管理体制等诸多原因，竞争能力羸弱。气象科普场馆根于气象科普产业，但在气象科普产业整体发展较弱的情况下，很多气象科普场馆建成后，没有成熟的科普展品开发链支撑，没有专业化的人员团队提供服务。场馆运营后，绝大部分精力耗用在科普产品开发、科普人才培养方面，这无异于以气象科普场馆的发展推动整个气象科普产业的发展。显然，这是气象科普产业发展与气象科普场馆发展的关系发生了错位。这样就造成了气象科普场馆展品单一、内容枯燥、无法吸引公众目标。
